ലോക്കല്‍ പൊലിസ് ആത്മഹത്യയാക്കി എഴുതിത്തള്ളിയ കേസിനെതിരേ ജോമോന്‍ കണ്‍വീനായി ആക്ഷന്‍ കൗണ്‍സില്‍ രൂപീകരിച്ചാണ് പോരാട്ടത്തിന് തുടക്കമിട്ടത്. ലോക്കല്‍ പൊലിസ് പതിനേഴു ദിവസവും ക്രൈംബ്രാഞ്ച് ഒന്‍പതര മാസവും അന്വേഷിച്ച് കേസ് അവസാനിപ്പിച്ചു. എന്നാല്‍ കേസന്വേഷണം സി.ബി.ഐക്ക് വിടണമെന്ന് ജോമോന്‍ അന്നത്തെ മുഖ്യമന്ത്രി കെ. കരുണാകരനെ നേരിട്ട് കണ്ട് നിവേദനം നല്‍കി. മൂന്നാം ദിവസം സംസ്ഥാന സര്‍ക്കാര്‍ അന്വേഷണത്തിന് ഉത്തരവിട്ടു. കേസന്വേഷണത്തില്‍ പിന്നെയും പ്രതിസന്ധികളുണ്ടായപ്പോള്‍ വേണ്ട ഇടപെടലുകള്‍ നടത്തിയത് ജോമോന്‍ തന്നെയാണ്. മേലുദ്യോഗസ്ഥന്റെ സമ്മര്‍ദമുണ്ടെന്ന അന്വേഷണ ഉദ്യോഗസ്ഥന്‍ വര്‍ഗീസ് പി. തോമസിന്റെ വെളിപ്പെടുത്തലില്‍ അഭയ കേസിന്റെ മേല്‍നോട്ടത്തില്‍ നിന്ന് മേലുദ്യോഗസ്ഥനായ ത്യാഗരാജനെ ഒഴിവാക്കണമെന്ന് ജോമോന്‍ ഹൈക്കോടതിയില്‍ ഹര്‍രജി നല്‍കി അന്ന് എം.പിമാരായിരുന്ന ഒ. രാജഗോപാല്‍, ഇ. ബാലാനന്ദന്‍, പി.സി തോമസ് എന്നിവരുമൊത്ത് സി.ബി.ഐ ഡയറക്ടറായിരുന്ന കെ.വി ജയരാമറാവുവിനെ നേരില്‍ക്കണ്ട് പരാതി നല്‍കി. തുടര്‍ന്ന് ത്യാഗരാജനെ അന്വേഷണത്തില്‍ നിന്ന് മാറ്റി. സി.ബി.ഐ സ്‌പെഷ്യല്‍ ഡയറക്ടറായിരുന്ന എം.എല്‍ ശര്‍മ്മയുടെ നേതൃത്വത്തിലായി പിന്നീട് അന്വേഷണം. കേസിന് തുമ്പില്ലെന്നു കാട്ടി എറണാകുളം സി.ജെ.എം കോടതിയില്‍ അന്വേഷണമവസാനിപ്പിക്കാന്‍ അനുമതി തേടി സി.ബി.ഐ എത്തിയപ്പോഴും എതിര്‍ത്തത് ജോമോന്‍ തന്നെയായിരുന്നു.
മൂന്നുതവണ കേസ് അവസാനിപ്പിക്കാന്‍ സി.ബി.ഐ അനുമതി തേടിയപ്പോഴും എതിര്‍ത്തു നിന്ന് അന്വേഷണം തുടര്‍ന്നത് ജോമോന്റെ ഒറ്റയാള്‍ പോരാട്ടമായിരുന്നു.