2017 മാര്‍ച്ച് 26 ഫോണ്‍കെണി കേസില്‍പ്പെട്ട് എ.കെ.ശശീന്ദ്രന്‍ ഗതാഗത മന്ത്രിസ്ഥാനത്തു നിന്ന് രാജിവച്ചു. ഇതോടെ തോമസ് ചാണ്ടിക്ക് ഗതാഗതമന്ത്രി സ്ഥാനത്തേക്കുള്ള കളമൊരുങ്ങി. അധികം വൈകാതെ ഏപ്രില്‍ 01ന് ഗതാഗത മന്ത്രിയായി തോമസ് ചാണ്ടി സത്യപ്രതിജ്ഞ ചെയ്തു. കേവലം നാലുമാസത്തിനകം, തോമസ് ചാണ്ടിക്കെതിരായ ആരോപണങ്ങള്‍ ഉയര്‍ന്നുതുടങ്ങി. കൃത്യമായി പറഞ്ഞാല്‍ ഓഗസ്റ്റ് 16നാണ് ഹാര്‍ബര്‍ എന്‍ജിനീയറിങ് വകുപ്പ് മന്ത്രി തോമസ് ചാണ്ടിയുടെ റിസോര്‍ട്ടിലേക്കുള്ള റോഡ് നിര്‍മാണം സംബന്ധിച്ച് അന്വേഷിക്കാന്‍ തീരുമാനം എടുത്തത്. ഇതേസമയം ഹാര്‍ബര്‍ എന്‍ജിനീയറിങ് വകുപ്പ് മാര്‍ത്താണ്ഡം കായല്‍ കയ്യേറിയെന്ന ആരോപണത്തെക്കുറിച്ചും, ആലപ്പുഴ നഗരസഭ ലേക് പാലസ് റിസോര്‍ട്ട് നിര്‍മാണത്തെക്കുറിച്ചും അന്വേഷിക്കാന്‍ തീരുമാനിച്ചു.

ആരോപണം ശക്തമായതോടെ ഒരു സെന്റ് ഭൂമിയെങ്കിലും നിയമവിരുദ്ധമായി കൈവശം ഉണ്ടെന്ന് തെളിഞ്ഞാല്‍ മന്ത്രിസ്ഥാനമല്ല, എം.എല്‍.എ സ്ഥാനമടക്കം രാജിവച്ചു വീട്ടില്‍ പോയിരിക്കുമെന്നു ഓഗസ്റ്റ് 17ന് മന്ത്രി തോമസ് ചാണ്ടി നിയമസഭയില്‍ പറഞ്ഞു. തനിക്കെതിരായ ആരോപണങ്ങളെല്ലാം പരിശോധിച്ച് തെളിയിക്കാന്‍ നിയമസഭയില്‍ വെല്ലുവിളിക്കുകയും ചെയ്തു.

ഓഗസ്റ്റ് 18ന് ലേക്ക് പാലസ് റിസോര്‍ട്ടില്‍ നിലം നികത്തിയിട്ടുണ്ടോയെന്നു പരിശോധിക്കണമെന്ന് ആവശ്യപ്പെട്ട് നഗരസഭ അധികൃതര്‍ ജില്ലാ കലക്ടര്‍ ടി.വി. അനുപമയ്ക്കു കത്തയക്കുകയും ലേക്ക് പാലസ് റിസോര്‍ട്ട് നിര്‍മാണത്തില്‍ കായല്‍ കയ്യേറ്റവും ചട്ടലംഘനവും നടന്നുവെന്ന് കലക്ടര്‍ പ്രാഥമിക റിപ്പോര്‍ട്ട് നല്‍കുകയും ചെയ്തു. ഇതിനിടെ സ്ഥല പരിശോധനയില്‍ കല്‍ക്കെട്ട് നിര്‍മാണത്തിന്റെ ഭാഗമായി പാടശേഖരത്തിലെ നീര്‍ച്ചാലിന് സ്ഥാനമാറ്റം വന്നതായും പരിശോധനയില്‍ കണ്ടെത്തി.

റിസോര്‍ട്ടിനായി പാര്‍ക്കിങ് സ്ഥലം നിര്‍മിച്ചത് കായല്‍ നികത്തിയാണെന്ന് തെളിഞ്ഞതോടെ തോമസ് ചാണ്ടി ഡയറക്ടറായുള്ള വാട്ടര്‍ വേള്‍ഡ് ടൂറിസം പ്രൈവറ്റ് ലിമിറ്റഡ് കമ്പനിയോട് വിശദീകരണം നല്‍കാന്‍ കലക്ടര്‍ ആവശ്യപ്പെട്ടു.

കൈയ്യേറിയ ഭൂമി തിരിച്ചു പിടിക്കണമെന്നും നടപടിയെടുക്കണമെന്നും ആവശ്യപ്പെട്ട് ഒക്ടോബര്‍ 09ന് ഹൈക്കോടതിയില്‍ ഹരജി ഫയല്‍ ചെയ്യപ്പെട്ടു.

കുട്ടനാട്ടില്‍ തോമസ് ചാണ്ടിയുടെയും ബന്ധുവിന്റെയും ഭൂമി ഇടപാടുകളില്‍ നെല്‍വയല്‍, തണ്ണീര്‍ത്തട നിയമവും ഭൂസംരക്ഷണ നിയമവും ലംഘിച്ചതായും കയ്യേറ്റം സ്ഥിരീകരിച്ചതായും കലക്ടര്‍ റിപ്പോര്‍ട്ട് നല്‍കി. കലക്ടറുടെ റിപ്പോര്‍ട്ടിന്റെ അടിസ്ഥാനത്തില്‍, മന്ത്രി തോമസ് ചാണ്ടിക്കെതിരെ ക്രിമിനല്‍ കേസിന് സാധ്യതയുണ്ടെന്നു ഒക്ടോബര്‍ 24ന് റവന്യു മന്ത്രി ഇ.ചന്ദ്രശേഖരന്‍ മുഖ്യമന്ത്രി പിണറായി വിജയനെ അറിയിച്ചു. കലക്ടറുടെ റിപ്പോര്‍ട്ടിന്‍മേല്‍ സര്‍ക്കാര്‍ അഡ്വക്കറ്റ് ജനറല്‍ സി.പി സുധാകരപ്രസാദിന്റെ നിയമോപദേശം തേടാന്‍ തീരുമാനിക്കുകയും ചെയ്തു.

മാര്‍ത്താണ്ഡം കായലിലെ ഭൂമിയിലേക്കുള്ള വഴി ഇനിയും നികത്തുമെന്നു സി.പി.ഐയുടെ ജനകീയയാത്രയില്‍ കാനത്തെ വേദിയിലിരുത്തി തോമസ് ചാണ്ടി വെല്ലുവിളിച്ചത് വിവാദത്തിന് വഴിവെച്ചു. കാനം അതൃപ്തി രേഖപ്പെടുത്തുകയും, മുഖ്യമന്ത്രി തോമസ് ചാണ്ടിയെ ശാസിക്കുകയും ചെയ്തു. മന്ത്രി മാധ്യമങ്ങളോടു സംസാരിക്കുന്നതിനും വിലക്കേര്‍പ്പെടുത്തി.

നവംബര്‍ 05ന് മന്ത്രി തോമസ് ചാണ്ടി നിലംനികത്തി റോഡ് നിര്‍മിച്ചെന്ന ആരോപണത്തെക്കുറിച്ചു ത്വരിതാന്വേഷണം നടത്തി ഒരു മാസത്തിനുള്ളില്‍ റിപ്പോര്‍ട്ട് സമര്‍പ്പിക്കാന്‍ വിജിലന്‍സിനോടു കോട്ടയം വിജിലന്‍സ് കോടതി നിര്‍ദ്ദേശം നല്‍കി.

നവംബര്‍ 06ന് തോമസ് ചാണ്ടി അഞ്ചുവര്‍ഷം വരെ തടവും രണ്ടു ലക്ഷം രൂപ വരെ പിഴയും ലഭിക്കാവുന്ന കുറ്റം ചെയ്തതായുള്ള കലക്ടറുടെ കണ്ടെത്തല്‍ നിര്‍ണായകമായി. തോമസ് ചാണ്ടി കുട്ടനാട്ടില്‍ നടത്തിയ ഭൂമിയിടപാടുകള്‍ ഭൂപരിഷ്‌കരണ നിയമത്തിന്റെ ലക്ഷ്യം അട്ടിമറിച്ചുവെന്നും ഭൂസംരക്ഷണ നിയമവും നെല്‍വയല്‍ നിയമവും ലംഘിച്ചെന്നും കലക്ടര്‍ നല്‍കിയ റിപ്പോര്‍ട്ടില്‍ പറയുന്നുണ്ട്.

തോമസ് ചാണ്ടിയെ മന്ത്രിസഭയില്‍ നിന്നു പുറത്താക്കണമെന്ന് മുഖ്യമന്ത്രിയോട് പ്രതിപക്ഷനേതാവ് രമേശ് ചെന്നിത്തല ആവശ്യപ്പെട്ടു.

നവംബര്‍ 07ന് ആരോപണങ്ങളുമായി ബന്ധപ്പെട്ടു തന്റെ ഭാഗം വ്യക്തമാക്കുന്ന ചില രേഖകള്‍ നല്‍കാനും തന്റെ ഭാഗം ന്യായീകരിക്കാനുമായി മുഖ്യമന്ത്രി പിണറായി വിജയനുമായി തോമസ് ചാണ്ടി കൂടിക്കാഴ്ച്ച നടത്തി.

നവംബര്‍ 08 ന് മാര്‍ത്താണ്ഡം കായല്‍ കയ്യേറ്റവുമായി ബന്ധപ്പെട്ട ഹരജി പരിഗണിക്കവെ ഹൈക്കോടതി സര്‍ക്കാരിനെതിരെ രൂക്ഷമായ പരാമര്‍ശങ്ങള്‍ നടത്തി. കൈയ്യേറ്റ വിഷയത്തില്‍ മന്ത്രിയ്ക്ക് മാത്രമായി പ്രത്യേക പരിഗണനയുണ്ടോയെന്ന് കോടതി ചോദിച്ചു. പിറ്റേന്നു തന്നെ മാര്‍ത്താണ്ഡം കായല്‍ കയ്യേറ്റവുമായി ബന്ധപ്പെട്ട് ആലപ്പുഴ ജില്ലാ കലക്ടറുടെ റിപ്പോര്‍ട്ട് റദ്ദാക്കണമെന്ന് ആവശ്യപ്പെട്ട് മന്ത്രി തോമസ് ചാണ്ടി ഹൈക്കോടതിയെ സമീപിച്ചു.

അതേസമയം മന്ത്രി തോമസ് ചാണ്ടിയുടെ ഭൂമി കയ്യേറ്റം സ്ഥിരീകരിച്ച് അഡ്വക്കറ്റ് ജനറല്‍ രംഗത്തെത്തി. ശേഷം ചേര്‍ന്ന ഇടതുമുന്നണി നേതൃയോഗത്തില്‍ മന്ത്രി തോമസ് ചാണ്ടി രാജിവച്ചൊഴിയണമെന്ന ആവശ്യം ശക്തമായി. യോഗം തീരുമാനം മുഖ്യമന്ത്രിയ്ക്ക് വിട്ടു.

വിഷയത്തില്‍ എത്രയും പെട്ടെന്നു തീരുമാനമെടുത്ത് അറിയിക്കണമെന്ന് എന്‍.സി.പിയോടു മുഖ്യമന്ത്രി നിര്‍ദ്ദേശം നല്‍കി. അപ്പോഴും യാതൊരു ഉലച്ചിലുമില്ലാതെ തോമസ്ചാണ്ടി രാജിയില്ലെന്ന നിലപാടില്‍ ഉറച്ചുനിന്നു. രാജിവയ്ക്കാം, പക്ഷേ രണ്ടു വര്‍ഷം കഴിഞ്ഞെന്നായിരുന്നു മന്ത്രിയുടെ നിലപാട്.

നവംബര്‍ 13ന് മന്ത്രി തോമസ് ചാണ്ടിയെ അയോഗ്യനാക്കണമെന്നാവശ്യപ്പെട്ടു ബി.ജെ.പി സംസ്ഥാന പ്രസിഡന്റ് കുമ്മനം രാജശേഖരനും ഒ.രാജഗോപാല്‍ എം.എല്‍.എയും ഗവര്‍ണര്‍ക്കു പരാതി നല്‍കി. നവംബര്‍ 15ന് സി.പി.ഐ നേതാവ് പന്ന്യന്‍ രവീന്ദ്രനും മുന്‍ മുഖ്യമന്ത്രി വി.എസ് അച്യുതാനന്ദനും തോമസ് ചാണ്ടിയ്‌ക്കെതിരെ രംഗത്തുവന്നു. തോമസ് ചാണ്ടി സ്വയം പുറത്തുപോകണമെന്നും ഇല്ലെങ്കില്‍ പിടിച്ചിറക്കി വിടേണ്ടി വരുമെന്നുമായിരുന്നു വി.എസിന്റെ പ്രസ്താവന.

കോടതിയില്‍ തോമസ് ചാണ്ടിക്കുവേണ്ടി ഹാജരാകാന്‍ മധ്യപ്രദേശില്‍നിന്നുള്ള കോണ്‍ഗ്രസ് രാജ്യസഭാംഗവും സുപ്രിം കോടതിയിലെ മുതിര്‍ന്ന അഭിഭാഷകനുമായ വിവേക് തന്‍ഖ കൊച്ചിയിലെത്തി. ഇതിനെതിരെ കോണ്‍ഗസില്‍ വന്‍ പ്രതിഷേധമുണ്ടായി. എന്നാല്‍ കോടതിപരാമര്‍ശം തോമസ് ചാണ്ടിയ്ക്ക് എതിരായിരുന്നു. നിയമത്തെ മാനിക്കുന്നെങ്കില്‍ ദന്തഗോപുരത്തില്‍ നിന്നിറങ്ങി സാധാരണക്കാരനെപ്പോലെ വിഷയത്തെ സമീപിക്കണമെന്ന് കോടതി പറഞ്ഞു. ഇതോടെ രാജിയ്ക്കുള്ള സമ്മര്‍ദ്ദം ഏറി. അവസാനം എന്‍.സി.പി ദേശീയ നേതൃത്വവും രാജി എന്ന നിലപാടിലേക്ക് എത്തുകയായിരുന്നു.