സാക്ഷരതാ മിഷന്‍ ആസ്ഥാനം നിര്‍മിച്ച സ്ഥലത്ത് ഡി.പി.ഐയുടെ പുസ്തക ഡിപ്പോ ആയിരുന്നു ഉണ്ടായിരുന്നത്. കോടിക്കണക്കിനു രൂപയുടെ തേക്ക്, ഈട്ടി തടികളില്‍ നിര്‍മിച്ച കൂറ്റന്‍ റാക്കുകളില്‍ ആയിരുന്നു പുസ്തകങ്ങള്‍ സൂക്ഷിച്ചിരുന്നത്. ഈ കെട്ടിടം പൊളിച്ചാണ് സാക്ഷരതാ മിഷന്‍ ബഹുനില മന്ദിരം ഒരുക്കിയത്. 

പുസ്തക ഡിപ്പോയിലെ തടി സാമഗ്രികള്‍ ഡയറക്ടറുടെ പി.എ കടത്തിയെന്ന് ആരോപണമുണ്ട്. മഹാ പ്രളയത്തില്‍ സംസ്ഥാനം ദുരിതത്തിലായപ്പോള്‍ ഔദ്യോഗിക വാഹനം മോടിപിടിപ്പിക്കാന്‍ ലക്ഷങ്ങള്‍ പരസ്യത്തിനു നല്‍കി ക്വട്ടേഷന്‍ ക്ഷണിച്ച ഡയറക്ടറുടെ നടപടി വിവാദമായിരുന്നു.