1957ല്‍ ആദ്യ ഇ.എം.എസ് മന്ത്രിസഭയുടെ കാലത്താണ് ഭരണപരിഷ്‌കരണ കമ്മിഷന്‍ ആദ്യമായി രൂപീകരിച്ചത്. ഇ.എം.എസ് തന്നെയായിരുന്നു പ്രഥമ അധ്യക്ഷന്‍. 1965ല്‍ സംസ്ഥാനം രാഷ്ട്രപതി ഭരണത്തിന്‍ കീഴിലായിരുന്നപ്പോഴാണ് രണ്ടാം കമ്മിഷന്‍ നിലവില്‍ വന്നത്. എം.കെ വെള്ളോടിയായിരുന്നു ചെയര്‍മാന്‍.
1997ല്‍ ഇ.കെ നായനാര്‍ മന്ത്രിസഭയുടെ കാലത്താണ് മൂന്നാം ഭരണപരിഷ്‌കരണ കമ്മിഷന്‍ രൂപികരിച്ചത്. നായനാര്‍ ആയിരുന്നു അധ്യക്ഷന്‍.
1997നു ശേഷം 19 വര്‍ഷം കഴിഞ്ഞാണ് നാലാമനായി വി.എസ് വരുന്നത്. മന്ത്രിസഭയെ നിയന്ത്രിക്കാനുള്ള അധികാരം കമ്മിഷനോ, കമ്മിഷനെ നിയന്ത്രിക്കാനുള്ള അധികാരം മന്ത്രിസഭയ്‌ക്കോ ഇല്ലാത്ത സ്വതന്ത്രചുമതലയാണ് കമ്മിഷനുള്ളത്.